生物微结构分析室组建于1982年，其前身是原浙江农业大学中心实验室电镜室，从一台10万倍的旧式电子管透射电子显微镜起步，发展成为目前国内一流的生物微结构电镜分析平台。其服务宗旨是在生物微结构研究领域，为校内外提供强大的透射电镜、扫描电镜、能谱分析、激光共聚焦显微镜技术服务及技术咨询。实验室始终把为学校教学科研提供技术服务放在首位，同时为社会提供具有特色的电镜测试服务，积极创导大型仪器开放共享的理念，培养学生上机操作能力。2012年被浙江省科技厅授予“浙江省电子显微镜中心（生命科学分部）”；2013年被评为教育部“高等学校仪器设备和优质资源共享系统”的生物电镜示范机组。
    实验室经过30多年的发展，在动植物及微生物超微结构、病毒形态结构、医学病理电镜诊断、高分子材料及纳米材料电镜观察分析等方面积累了丰富的经验。建立了生物材料及非生物材料超薄切片、冷冻超薄切片、免疫金标记、荧光标记定位、电镜细胞化学、冷冻样品制备、电镜快速诊断等相关技术。实验室拥有三台120kV透射电镜、冷场发射高分辨扫描电镜、钨灯丝扫描电镜、环境扫描电镜、台式扫描电镜、透射电镜能谱和扫描电镜能谱仪、两台激光共聚焦显微镜，同时还配备有高压冷冻仪、冷冻置换仪、多台超薄切片机和冷冻超薄切片机、免疫金标仪、真空镀膜仪、离子溅射仪、临界点干燥仪、研究显微镜、荧光显微镜等一系列先进的样品处理设备。实验室对校内外开放，可提供样品前处理所需的固定剂、包埋剂等专用试剂和器材，经专业培训后的师生可自行上机操作，进行电镜观察分析。分析测试服务范围包括以下几个方面：
1. 动植物和微生物超微结构观察分析。
2. 农作物和水产病害病原的电镜诊断检测。
3. 医学病理样品电镜诊断。
4. 细胞分子荧光标记和激光共聚焦显微镜观察分析。
5. 土壤与动植物体内重金属元素能谱分析。
6. 高分子材料和纳米材料电镜分析。
7. 冷冻电镜样品制备。